导师制是南方科技大学书院制学生管理模式的重要内容之一。南方科技大学通过实行书院制对本科生进行教育和管理，在书院的平台上实行导师制，作为一种在课堂之外对学生进行培养的非正式教学方式，是对课堂教育的重要补充。导师对学生有着耳濡目染的影响、熏陶，为学生在学业和职业的规划、生活和人生等方面提供全方位的指导和帮助。书院导师由南科大各院系的讲座教授、教授、副教授和助理教授担任。由于南科大本科生到第三学年才选择专业，因而在第一、二学年中，书院导师重点对学生适应大学生活、形成正确的价值观和健全的人格、发掘自己的专业兴趣、选择适合自己的课程和专业提供指导和帮助。