南方科技大学本科教育的核心理念是根据学生特点，注重对学生学习能力的培养，鼓励对知识的不懈探索，用知识启迪自己、服务社会，尊重学术差异，崇尚学术创造与创新，追求学术卓超。南方科技大学本科教育目标为：努力培养具有良好科学研究素养、科学创新精神与潜质，人格健全、基础扎实、能力突出、具有全球视野和社会责任感、未来能在相关学科领域起引领作用、具有创新精神和实践能力的高素质拔尖创新人才，成为国际一流的科学家、技术专家、企业家。在人才培养中，南方科技大学通过以学分制、导师制、书院制（“三制”）为基础，人才培养的个性化、精英化、国际化（“三化”）为特色，依托“631”招生体系、课程体系、科研体系、创新实训体系、“1+3”通识-专业融合式培养体系、国际化三学期体系（“六体系”）培养面向未来的拔尖创新人才。